Story Mega Man X Command Mission
Aus den Trümmern eines eingeschlagenen Meteoriten gewann man das Force-Metal, welches die Reploid-Technologie revolutionierte. Dieses Metall wird auf einer künstlichen Insel namens Giga-Island abgebaut.
Die Reploids auf Giga-Island begannen mit einem Aufstand. Sie wurden aggressiv, zerstörerisch und zeigten ein ähnliches Verhalten wie Mavericks. Allen Anscheins hat das Force-Metal einen gefährlichen Einfluss auf künstliche Intelligenzen, also die Reploids, welche das Metall abbauen.
Mega Man X, Zero, Axl sowie weitere Maverick-Hunter begeben sich Richtung Giga-Island um den Konflikt zu beenden.